При регистрации через интернет платить не нужно.

С 1 января 2019 года при отправке документов в налоговую через интернет не придется платить за госрегистрацию:

• юрлиц
• изменений в учредительных документах
• ликвидации компании вне процедуры банкротства
• ИП
• прекращения деятельности ИП.

При этом, для тех граждан, что будут как и прежде сдавать документы в налоговую на бумаге, госпошлина останется прежней.
В настоящее время размер пошлины за регистрацию юрлица составляет 4 тысячи рублей, изменений в учредительных документах/ликвидации компании/ИП — 800 рублей, прекращения деятельности ИП — 160 рублей.
Основание: Федеральный закон от 29.07.2018 N 234-ФЗ.